Mặc dù là một trong những công trình kiến trúc nghệ thuật lớn và đóng vai trò, ý nghĩa vô cùng đặc biệt về mặt tư tưởng, văn hóa, tâm linh đối với vương triều Hậu Lê; song quá trình ra đời khu miếu điện Lam Kinh lại không được ghi chép nhiều, hoặc không còn tìm được nhiều trong sử sách cũ. Sau khi Lê Lợi lên ngôi ở Đông Đô (Thăng Long), tháng 11, vua ngự về Tây Đô, bái yết sơn lăng, thưởng cho các tướng hiệu quân nhân theo hầu mỗi người thăng tước một bậc. Nếu là thượng trí tự, đại trí tự thì thăng tước 1 tư. Người có con cháu thay mình được phong hầu cùng người không có công lao thì không dự lệ này. (Đại Việt sử ký toàn thư).

Đến tháng 6-1430 “đổi Đông đô làm Đông Kinh, Tây Đô làm Tây Kinh”. Tháng 8-1433, trước khi Lê Thái tổ mất, nhà vua đã về thăm Lam Sơn lần cuối. "Vừa về Lam Kinh" - tên gọi Lam Kinh lần đầu tiên được dùng để chỉ đất Lam Sơn lịch sử (theo nhà nghiên cứu Nguyễn Văn Hảo trong cuốn Khu Di tích Lam Kinh). Năm 1433 vua Lê Thái tổ mất, được đưa về Lam Kinh an táng tại Vĩnh Lăng. Tháng 12 cùng năm "các quan theo hầu về Tây Kinh dựng miếu điện Lam Sơn", tuy nhiên sử cũ không ghi chép về quy mô các công trình được xây dựng ở thời điểm này. Tháng 4-1434, vua Lê Thái tông sai "Hữu bộc xạ Lê Nhữ Lãm đến Lam Kinh dựng miếu thờ Thái mẫu". Cũng trong năm này điện Lam Kinh cháy, nhưng đáng tiếc là cuốn sử đồ sộ như Đại Việt sử ký toàn thư cũng không ghi thêm bất kỳ thông tin nào liên quan đến vụ hỏa hoạn.

Đến đời vua Lê Nhân tông, sách Đại Việt sử ký toàn thư chép: "Tháng 9, xuống chiếu cho Thái úy Lê Khả đốc các cục bách tác làm miếu điện ở Lam Kinh" (năm 1448); đến năm Kỷ Tỵ 1449 “tháng 2, miếu điện ở Lam Kinh làm xong, sai Hàn lâm thị độc Hoàng Thanh thay cho Nguyễn Lãm làm lễ tấu cáo". Năm Bính Tý 1456 "ngày Đinh Mùi mồng 8, vua ngự về Lam Kinh, ngày Quý Sửu về đến Lam Kinh. Đêm ấy mưa đá. Ngày 15, vua thân đem các quan bái yết sơn lăng. Chỉ huy cho các quan coi lăng ở Lam Sơn rằng: "Phàm các việc ở đền thờ cần phải thành kính tinh khiết, như việc chặt cây, chặt tre kiếm lấy củi đóm. Tế tẩm miếu dùng 4 con trâu, đánh trống đồng, quân lính hò reo ứng theo. Về nhạc vũ thì múa nhạc "Bình Ngô phá trận", văn thì múa nhạc "Chư hầu lai triều"... Ngày 21, ban yến cho các quan đi theo hầu, các quan nhậm chức ở ngoài và các quan trí sĩ ở hành điện Lam Kinh, thưởng tiền theo thứ bậc khác nhau. Ngày hôm sau, chỉ huy các đại thần bàn định đặt hiệu cho các miếu điện ở sơn lăng Lam Sơn, chính điện gọi là điện Quang Đức, điện Sùng Hiếu, hậu điện gọi là điện Diễn Khánh. Lại sai quan phủ Thanh Hóa làm tẩm cung thờ thái hoàng thái phi ở sau điện lăng Lam Sơn".

Theo nhà nghiên cứu Nguyễn Văn Hảo, thì giới hạn Lam Kinh đến đâu, hiện tại chưa xác định được. Có điều chắc chắn phạm vi của Lam Kinh trong đó có hương Lam Sơn và thôn Dâm. Tháng 8-1467, vua Lê Thánh tông sai người đi khám đất công ở hương Lam Sơn và thôn Dâm. Vua ra chỉ dụ: "Lam Kinh là đất căn bản làng vua, không ví như kinh sư khác được, mới rồi bọn thế gia hay làm trái lễ phép, coi thường pháp luật, chiếm lấy đất làm của mình, các thân vương, công chúa không có chỗ đất cắm dùi. Lấy pháp luật mà trị tội, sao bằng lấy lễ phép mà bảo trước..... Như vậy Lam Kinh bao gồm một vùng đất rộng lớn, có rừng núi, ruộng canh tác và làng bản, chứ không bó hẹp để chỉ một lớp tường thành. Lam Kinh không phải là đô thị. Gọi là "Kinh" nhằm thể hiện sự tôn vinh "đất căn bản làng vua". Trong 6 năm ở ngôi, hoàng đế Lê Lợi hai lần về thăm quê để "bái yết Sơn lăng" - lăng mộ các vị tổ của nhà vua. Tên gọi Sơn lăng được ghi nhiều lần trong các sử sách xưa, sau này khái niệm "Sơn lăng" còn bao gồm lăng mộ Lê Thái tổ và một số vị vua, hoàng thái hậu nhà Lê, sau khi mất được chôn cất ở Lam Kinh.

Để tưởng nhớ tổ tiên, đặc biệt là công đức khai sáng cơ nghiệp của vua Lê Thái tổ, cứ vài ba năm, vua và các quan lại về Lam Kinh hành lễ. Từ thế kỷ XV đến nửa đầu thế kỷ XVIII, triều đình luôn cắt cử chức quan cùng với một đội quân thường trực ở Lam Kinh để bảo vệ nghiêm cẩn khu miếu điện linh thiêng này. Các công trình xây dựng ở Lam Kinh để thờ cúng tổ tiên nhà Lê có những tên gọi như "Nhà thờ Sơn lăng", "Điện lăng Lam Sơn", "Miếu Điện Lam Sơn".  (Đại Việt sử ký toàn thư) có lẽ tập trung chủ yếu ở khu trung tâm" Lam Kinh nhà Lê ở phía Tây núi Lam Sơn, phía Bắc gối vào núi Dầu. Đầu thời Thuận Thiên lấy đất này làm Tây Kinh, cũng gọi là Lam Kinh, xây dựng cung điện trông ra sông, đằng sau hồ lớn, giống hồ Kim Ngưu, các khe núi đổ vào hồ này. Lại có khe nhỏ bắt nguồn từ hồ chảy qua trước điện, ôm lại như hình vòng cung, bắc cầu lợp ngói trên khe. Đi qua cầu tới cung điện. Sau khi nhà Lê mất, thì chỗ này vỡ lở gần hết chỉ còn mộ cũ” (theo sách Việt Sử thông giám cương mục).

Hiến sát Thanh Hóa Ngô Thì Sĩ đã có bài thơ ca ngợi vẻ đẹp và giá trị của khu miếu điện Lam Kinh: "Nhất nhất công cán đáo Lam Kinh/ Lịch lịch tiền tung nhỡn bảo kinh/ Tứ điện sơn hà thiên thiết thắng/ Vạn niên lăng tẩm địa chừ Kinh/ Ban ban phong vật nan đồ hội/ Chủng chủng uy thanh mạc trạc hình/ Chữ miện bồi hồi tăng cảm khái/ Cửu cung di chỉ thu dình đinh" (đại ý: Nhân có dịp đi công cán Lam Kinh, nhìn thấy được dấu vết tiền nhân, bốn mặt sông núi tươi đẹp, lăng tẩm đời đời linh thiêng, phong cảnh khó lòng vẽ được, uy linh cũng không thể nào hình dung nổi, trong lòng càng bồi hồi, xúc động trong niềm tự hào về quá khứ oai hùng của những con người làm nên lịch sử). Thế nhưng, trải qua hàng trăm năm tồn tại, với vô số biến thiên lịch sử, đặc biệt là từ khi nhà Lê đánh mất dần vai trò lịch sử, thì khu miếu điện cũng dần rơi vào quên lãng.

Từ triều vua Lê Uy Mục (năm 1505) đến hết thời đại nhà Hậu Lê (năm 1789), Lam Kinh không còn là nơi diễn ra các buổi tế lễ long trọng do vua và triều thần cử hành. Đặc biệt, từ cuối thế kỷ XVIII, triều Lê - Trịnh thối nát, đất nước lâm vào khủng hoảng nghiêm trọng, các cuộc nội chiến xảy ra khắp nơi. Sau cuộc kháng chiến chống quân xâm lược nhà Thanh do vua Quang Trung lãnh đạo giành thắng lợi; tiếp đến là cuộc chiến tranh giữa Tây Sơn với Nguyễn Ánh... Biến cố lịch sử, nhà Lê sụp đổ, các cuộc chiến tranh diễn ra triền miên đã khiến toàn bộ khu miếu điện Lam Kinh bị phá hủy nặng nề. Đồng thời, trong suốt một thời gian dài Lam Kinh trở thành phế tích, đúng như câu cảm thán của Ngô Thì Sĩ: "Miếu mạo công thần xen mái cỏ/ Lăng phần liệt thánh lẫn cây ngàn". Đến đầu thế kỷ XX, người dân Lam Sơn mới xây dựng một đền thờ nhỏ nằm ngay trên đất Lam Kinh để thờ vua Lê Thái tổ, Nguyễn Trãi, Lê Lai và Bạch Y Công chúa. Đồng thời, sang đầu triều Nguyễn, vua Gia Long Nguyễn Ánh cho dỡ miếu điện ở Lam Kinh và Đông Đô (lúc này chỉ là trấn thành) để lấy nguyên liệu xây dựng đền Bố Vệ (ở TP Thanh Hóa nay). Từ đó, việc tế lễ các vua, hoàng thái hậu và công thần nhà Lê cũng được chuyển về đền Bố Vệ.

Trải qua hàng chục năm kỳ công nghiên cứu và nhiều lần trùng tu, tôn tạo, khu miếu điện Lam Kinh mới có được diện mạo như hiện nay, để cho con dân đất Việt tìm về ngưỡng vọng, chiêm bái và tri ân công đức các bậc tiền nhân. Đồng thời cũng để thấy được trách nhiệm của hậu thế đối với việc gìn giữ, bảo vệ và phát huy giá trị di sản mà cha ông đã lấy máu xương để đắp đổi nên và trao truyền lại.