Các mối nguy sinh học bao gồm: vi khuẩn, vi -rút và ký sinh trùng. 

Vi khuẩn là mối nguy hay gặp nhất trong các mối nguy ô nhiễm thực phẩm. Vi khuẩn có ở khắp mọi nơi, đặc biệt phân, nước thải, rác, bụi, thực phẩm tươi sống chứa nhiều loại vi khuẩn gây bệnh. Ngay ở cơ thể người cũng có rất nhiều loại vi khuẩn, chúng Cư trú ở da, bàn tay, miệng, đường hô hấp, đường tiêu hóa, bộ phận sinh dục, tiết niệu... 

Vi rút nhỏ hơn vi khuẩn nhiều lần, nhìn chung Vì rút chịu được lạnh, không chịu được nóng và tia tử ngoại. Vi rút gây ngộ độc thực phẩm và các bệnh truyền qua thực phẩm thường có trong ruột người. Vị truyền từ phân qua tay người tiếp xúc hoặc từ nước bị ô nhiễm phân vào thực phẩm, với một lượng rất nhỏ, vi rút đã gây nhiễm bệnh cho người. Vi rút nhiễm ở người có thể lây sang thực phẩm, hoặc trực tiếp lây sang người trước khi phát bệnh. 

Các ký sinh trùng hay gặp trong thực phẩm là giun, sán đây là những sinh vật sống nhờ trong Cơ thể các sinh vật khác đang sống, lấy thức ăn từ các vật đó để tồn tại, phát triển và gây hại đến sức khoẻ con người. 

Trong sản xuất, chế biến thực phẩm có thể xảy ra ô nhiễm hóa học. Những chất hóa học hay bị ô nhiễm vào thực phẩm gồm: các chất ô nhiễm từ môi trường (như: chì trong khí thải của các phương tiện vận tải...); các chất hóa học sử dụng trong nông nghiệp (như: thuốc bảo vệ thực vật, phân bón, thuốc thú y, chất tăng trọng, kích thích tăng trưởng...); các chất phụ gia thực phẩm (như: các chất tạo màu, tạo ngọt... sử dụng không đúng liều lượng, không trong danh mục cho phép của Bộ Y tế); các hợp chất không mong trong bao bì chứa đựng, đóng gói thực phẩm; các chất độc tự nhiên có sẵn trong thực phẩm (như mầm khoai tây, sắn, măng, nấm độc, cá nóc, cóc, nấn sinh độc tố...). 

Các mảnh kim loại, thủy tinh, mảnh gỗ, sạn, đất, sỏi, xương, ô nhiễm phóng xạ... nếu bị lẫn vào thực phẩm, có thể làm nguy hại đến sức khỏe con người. 

Trong quá trình sản xuất, chế biến, bảo quản, vận chuyển, kinh doanh thực phẩm, nếu không tuân thủ nghiêm ngặt các quy định an toàn, vệ sinh, có thể có các mối nguy làm thực phẩm bị ô nhiễm. Hậu quả cuối cùng của việc sử dụng thực phẩm bị ô nhiễm, là ngộ độc thực phẩm và các bệnh truyền qua thực phẩm, thậm chí có thể dẫn đến tử vong.